Im Laufe ihres literarischen Lebens wurden der Schriftstellerin für bestimmte Werke oder für ihr gesamtes Schaffen zahlreiche Preise verliehen:

Der Text der ihr hierbei verliehenen Urkunde lautet: "Gertrud Fussenegger ist eine große Erzählerin, die ihre Motive und Figuren aus der Geschichte der Habsburger Monarchie, vor allem aber aus der lebendigen Erinnerung an ihre böhmische Heimat und Jugend schöpft. Dazu tritt die prägende Kraft einer christlichen Humanität, welche die Schriftstellerin inspirierte, im Vertrauen auf den Glauben existentielle Fragen des modernen Menschen aufzuwerfen. Ihr Werk setzt sich aus zeitübergreifenden Romanen, geschliffenen Erzählungen und breitangelegten geschichtlichen Darstellungen zusammen."

Der Vorschlag für diese Auszeichnung wurde von der oberösterreichischen Landesregierung einstimmig angenommen. In seiner Laudatio auf die Schriftstellerin würdigte Landeshauptmann Pühringer sie als die "Doyenne" der zeitgenössischen österreichischen Dichtung, die für Oberösterreich viel geleistet habe.

Gertrud Fussenegger ist Mitglied des P.E.N., der Humboldt-Gesellschaft, des "Turmbund" und der Sudetendeutschen Akademie sowie Ehrenmitglied des österreichischen Schriftstellerverbandes. Für die "Frankfurter Anthologien" von Marcel Reich-Ranicki was sie ebenfalls tätig. Von 177 bis 1979 und 184-185 war Mitglied der Jury des damals noch renommierten Ingeborg-Bachmann-Preises in Klagenfurt.